「ゼノギアス」の主要キャラクターには家族関係が明示されている。しかも、母は子をかばい、父は子の道を指し示して未来を託すというシーンが、非常に多い。エリィの母がエリィを守って倒れ、父エーリッヒが、娘が自らの意志で進むための道を整えて死んでいったように。ビリーの母が子どもたちを匿って死に、ジェサイアが人間弾頭としてビリーを助けたように。
そして…ゼボイムで、エリィが敵の手にエメラダを渡さないために撃たれ、キムが（おそらく）エメラダを封印して未来に復活の可能性を残したように。…じつは、ゼボイムで既にキムとエリィはエメラダという子の父と母であり、恐らく二人は母子ではなく人間としての関係を築いていた。ならばなぜ、その時点で母の解放が行われなかったのだろうか。理由は二つ考えられる。
彼らは「普通の」父と母だった。だがその結びつきは「原初の母」と「接触者」としての存在に耐えうるものではなかったのではないか、ということが一つ（マハノン出発前夜のフェイとエリィのように）。もう一つは、当時のヒトが種としての限界に直面していたことによるものではないかということだ。たとえ母を解放しても、ヒトが滅びてしまえば、それは真の意味での解放にはならない。時はまだ来ていなかったのだ。
ところで「かばう母、道を示す父」に当てはまらないケースもある。シタンをめぐる関係だ。シタンは他のキャラクターと違い、自らが父である。が、娘のミドリに口をきいてもらえないことを気にしている。ミドリにはテレパシー能力があり、チュチュにはおしゃべりと言われてしまうのだが、シタンはそれに気付いていないかのようだ。ミドリは父にない能力を持つことで、父の庇護から自由でいられるのではないか。彼女はだから、人という種を外から眺めるチュチュ達に似ており、シタンが道を示す必要がないのかも知れない。あるいは、シタン自身が「ミドリの父として」生きていなかったのかも知れない。フェイの観察者であり「みんなの先生」である側面…皆に対しての導き手としての面が強く、ミドリとの関係がほとんど描かれなかったことも理由だったのだろうか。ユイも、ミドリの母として描かれていないことだし。
リコの両親についても、語られてることが少ない。序盤に伏線のあった、ジークムントとの血縁も、事実として明らかにされるだけである。想像に過ぎないのだが、リコにも他のキャラと同様、父によって道を開かれるようなできごとが用意されていたのではないだろうか。超巨大ロボ、ユグドラ４のイベントは、リコに対するジークムント、バルトに対する先祖（時を越えた父としての）ロニの、未来を託す願いが結集したところに生じるはずのものだったのではないだろうか。
また、バルトの場合、物語中で直接父母が登場するわけではない。だが、父や先祖の遺産を用い、遺言に忠実におのれの道を切り開いていくバルトは、既に「父に道を示された」存在として登場する。マルーとの関係といい、彼はフェイ達が目指すべき道を既に歩みつつあったと言えるのではないか。